Manuel José Arce nació en la ciudad de San Salvador el 1 de enero de 1787, en el seno del matrimonio formado por don Bernardo José Arce y de León y doña Manuela Antonia Fagoaga y Aguilar. Recibió la educación primaria en la Escuela del convento de San Francisco, en San Salvador, y posteriormente pasó a la capital del Reino de Guatemala, donde continuó sus estudios en el Colegio Tridentino y en la Universidad de San Carlos de Borromeo. En estos espacios destacó por sus aptitudes intelectuales y por una conducta que le dio reconocimiento entre sus contemporáneos. Sin embargo, debido a la avanzada edad de su progenitor y al desmejoramiento de la fortuna familiar tuvo que interrumpir su carrera académica, retornar a San Salvador y dedicarse por completo a las faenas agropecuarias, al comercio y al ejercicio práctico del litigio.
Su incorporación a la vida pública se produjo en el contexto de las tensiones políticas que precedieron a la independencia, durante los acontecimientos de 1811 en San Salvador, se mantuvo al lado de su padre quien como notable de la villa fue electo alcalde segundo para este periodo. Posteriormente, participó en los eventos de 1814 en el cual asumió un papel más activo convirtiéndose en portavoz de los líderes del movimiento, evidenciando ya su capacidad de liderazgo y compromiso político.
El 15 de septiembre de 1821 se firma el acta de independencia de Centroamérica, las provincias que lo conforman emprenden la tarea de construir gobiernos que les permitan administrarse. En este escenario, en 1822 México se declaró imperio bajo la figura de Agustín de Iturbide y extendió a las provincias centroamericanas un llamado para una anexión, lo que provocó profundas divisiones. Mientras la Junta Consultiva instalada en Guatemala aceptó la anexión, la Junta Gubernativa de San Salvador rechazó este proyecto, defendiendo la autonomía provincial. La Junta de San Salvador presidida por el Presbítero y Dr. José Matías Delgado, nombró comandante de las tropas que defenderían la soberanía nacional de San Salvador al entonces Tte. Cnel. Manuel José Arce, quien de inmediato al frente de 150 hombres marchó para Santa Ana a efecto de impedir la anexión forzada.
El emperador Iturbide envió al Brigadier Vicente Filísola con un ejército de 1500 hombres para someter a la villa de San Salvador. Después de los combates y debido a la superioridad numérica del enemigo el ejercito del Comandante Arce tuvo que emprender la retirada. Sin embargo, la caída del imperio mexicano puso fin a la amenaza inmediata y Filísola tuvo que retirarse con sus tropas.
A lo largo de su vida militar, Arce participó en diversas acciones relevantes, entre ellas la batalla del Llano del Espino (1822), la campaña contra el Imperio Mexicano, la expedición a Nicaragua (1825), y los enfrentamientos de Arrazola y Milingo (1827), así como en la campaña contra Francisco Malespín en 1844. Estas experiencias reflejan una trayectoria marcada por su constante participación en los procesos decisivos de la región y consolidaron su prestigio como líder militar.
La trayectoria política de Arce alcanzó su punto culminante cuando, el 26 de abril de 1825, fue electo primer presidente de la República Federal de Centroamérica, inaugurando formalmente el funcionamiento del poder ejecutivo de la federación. Su gobierno se desarrolló en medio de crecientes tensiones internas entre las provincias, derivadas de visiones contrapuestas sobre la organización del Estado. Arce defendió un modelo de carácter centralista, lo que lo llevó a enfrentarse con figuras como el general Francisco Morazán, quien sostenía una postura más favorable a la autonomía provincial. Estas divergencias desembocaron en un conflicto armado que debilitó profundamente el proyecto federal.
En febrero de 1828 el Gral. Arce entrega la presidencia de la Federación y se retira de la vista pública, se trasladó inicialmente a Santa Ana para poder atender a su familia, posteriormente se establece en Guatemala donde es capturado por las tropas del Gra. Morazán. Posteriormente es obligado a ir al exilio a Estados Unidos. En 1831 se trasladó a Mexico y fue acá donde escribió sus memorias y preparó su regreso a Guatemala. Desde la región de Soconusco —entonces zona de carácter neutral— emprendió una acción militar que resultó fallida, lo que lo obligó a regresar nuevamente a México, donde se dedicó a actividades agrícolas.
El General Arce regresó a El Salvador a finales de 1842, apartándose desde entonces de la vida política y de toda función en la administración pública.
En los últimos años de su vida residió en la capital que lo vio nacer. Allí, ya afectado por la enfermedad y en circunstancias poco favorables, encontró el auxilio solidario del pueblo. Falleció el 14 de diciembre de 1847, a la edad de 61 años, en una casa del barrio La Merced. Sus restos fueron sepultados en la Iglesia de La Merced de esta capital.
